Spinalonga (græsk: Σπιναλόγκα) er en ø beliggende i Elounda-bugten i det nordøstlige Kreta, i kommunen Agios Nikolaos, Lasithi, nær byen Plaka. Øen er yderligere tilknyttet området Kalydon. Den ligger nær Spinalonga-halvøen ("store Spinalonga") – hvilket ofte forårsager forvirring, da det samme navn bruges til begge.
Under den venetianske styre blev salt høstet fra saltpander rundt om øen.[citation needed] Øen har også været brugt som en leprakoloni. Spinalonga har optrådt i romaner, tv-serier og en kortfilm.