Hvad der er tilbage i dag af Q´enqo arkæologiske kompleks er udhuggede klipper, som ikke kunne ødelægges af spanierne; der er kun lidt tilbage af stierne og akvædukterne, såvel som af indhegningerne, depoterne eller de liturgiske bade, foruden det store lag guld, der oplyste hele stedet.
Q´enqo blev muligvis brugt af inkafolket som et tilbedelsessted; dens passage, der ligner en labyrint, har på deres sider flere kanaler i form af Amarus (slanger), gennem hvilke blodet fra dyreofre løb - disse var typisk de smukkeste og mest unikke; måske var dette grunden til, at de sorte dyr var de udvalgte. Nogle krønikeskrivere som Juan de Betanzos beskriver det som "en barbarisk handling begået af inkafolket, hvor de ofrede ikke kun dyr, men også nyfødte, der besad særlig skønhed; ifølge inkafolket blev disse væsener født smukke for at forene sig med guderne".
Q´enqo har et offerkammer i en af sine underjordiske kamre, hvor en stor klippe skiller sig ud, som ifølge krønikeskrivere var dækket af guld. I den øverste del af kammeret kan man se et hul, som var præcis oven over den nævnte klippe. Månens lys trængte ind gennem dette hul og strålede gennem det gyldne lag, så det oplyste hele stedet. Nogle historikere har hævdet, at Q´enqo er gravstedet for inkaen Pachacuteq, den vigtigste af dem alle.